乔木大叶种茶树与其它植物一样，不能直接利用大气中的分子氮。植物所需要的氮一般是通过生物固氮、高能固氮（如闪电和火山爆发时出现的固氮）或工业固氮（将分子氮转化为氨或硝酸盐）等过程才能为植物所利用。于是，另一支微生物固氮细菌接手，持续为茶树“转接”氮源。而且，也有一支微生物群落又将动物排泄物和动植物尸体分解而释放出氨，氨又先后由亚硝化细菌和硝化细菌转变为硝酸盐为茶树所利用。
更大的茶树“保卫战”，则发生在茶树土壤中根茎表面周围约5厘米的根界区，这里重重围绕着高密度的微生物，可谓重兵把守。微生物学称这一类细菌为“根圈菌”。这些微生物的任务是，不仅将植物、动物的排泄物及尸体分解转化，还要由这些微生物分泌出各种有机物，包括氨基酸、低分子醣类、低分子核酸、生长激素及各种酵素等等，来支撑茶树对营养物的需求，对乔木大叶种茶树的生长有显著的效果。一块土壤内的优势微生物可能影响其他种类微生物的生存和繁育。不适于新环境的优势微生物死亡时，某些适生的新种便起而代之，此时就出现了类似地面上群落演替那样的变化。达到稳定状态时，我们在乔木大叶种茶树根部土壤剖面上可以观察到微生物的分层现象。
还有些微生物更为“激进”，干脆侵入根部组织内，在根细胞繁殖，这类微生物称之为“菌根菌”，它不但不破坏根部组织，却更能与根部细胞交换物质，共存共荣，促使根部活力，增强其吸收力，有利於植物健全的生长与自然抗病力的加强。
没有这些微生物的参与，乔木大叶种茶树就很难存活，更谈不上存活几百年，甚至上千年了。
3. 微生物生态的多样性是乔木大叶种茶天然营养源的“加工厂”
我们说云南乔木大叶种茶具有先天的独特性，除了特定的地理、气候与物种的多样性外，特有的微生物的参与也是其中一个因素，而且是一个很大的因素。
微生物生态的多样性及微生物的参与不仅帮它抵御外部各种病虫害的侵袭，并将各种营养源源不断输入其中，使它始终亮丽如新，健壮怡人。
微生物许多独特的代谢方式，如自养细菌的化能合成作用、厌氧生活、不释放氧的光合作用、生物固氮作用、对复杂有机物的生物转化能力、分解氰、酚、多氯联苯等有毒物质的能力，抵抗热、冷、酸、碱、高渗、高压、高辐射剂量等极端环境的能力，以及病毒的以非细胞形态生存的能力等。都为乔木大叶种茶提供了坚实的“物质基础”。以天然抗生素为例，三分之二（超过4000种）是由微生物放线菌产生的。微生物所产酶的种类也是极其丰富的，从各种微生物中发现，仅II型限制性内切酶就有1443种。 而且这些发现并没有终结，还在继续。
当我们摘下它一片叶子，不管这颗茶树是几百年，还是上千年，其茂密的枝叶，及肥硕的叶片，看不到孊孊老者的半点身影，倒像一个阳刚十足的“壮汉”。常常是令我们惊诧不已。
尤其值得一提的是，本文所讲微生物对乔木大叶种茶的“干预”，仅仅是普洱茶的原料起始的过程，还未涉及普洱茶的加工。待到普洱茶加工过程，无论是生茶、还是熟茶，其微生物群落的参与给予普洱茶品质的影响更大。笔者会在下一篇“普洱茶的特殊工艺价值”中详细讨论。
4. 微生物生态的多样性具有天然性和不可复制性的特点
微生物生态的多样性除物种多样性外，还包括生理类群多样性、生态类型多样性和遗传多样性。 这是一个繁杂并庞大的系统，只要有一个条件改变，其它也相应发生改变。
我们可以改变一个小的自然环境，但大的自然生态却是无法模拟与复制的。因为它有太多是我们未知的的东西。
还有，由于微生物的微观性，以及目前研究手段的限制，许多微生物的种群还不能分离培养，其已知种占估计种的比例仍很小。
相对普洱茶的发酵，我们经常面对一种尴尬的提问：普洱茶的发酵为什么还这么原始？为什么不采用制药企业的发酵方式，在GMP条件下(可达到10万级洁净标准)，废弃自然接种方式，采用人工接种的方法进行无害化生产呢？
答案非常简单，我们目前还不知道参与普洱茶发酵的微生物菌群到底有多少？虽然很多科研人员已经分离了它一部分的菌种与菌群，但这只是很小的一部分，不能归纳到生产使用。因此，目前的普洱茶加工与后续的发酵，仍然没有脱离历史遗留下来的传统手段，即自然接种。让发酵场地空气中、地表层弥漫的几十亿，甚至上百亿微生物群落自然“侵入”其中，参与“生产”工作；甚至包括后来搞的熟茶渥堆发酵，也没有离开原始的自然接种模式，与现代的真正意义的发酵工程的确相距甚远。
同时，这种自然接种的方式，又因发酵场地存在卫生条件较差的问题，很多人担心普洱茶存在二次污染的可能。毕竟空气中及地表层存活的微生物菌群并不都是有益菌，还有很多类似大肠杆菌这样的有害菌。但有一点，确是令很多科技人员感到奇怪的，就是在对云南普洱茶众多产品检测中，正宗的云南普洱茶在大肠杆菌与致病种群等方面竟无一超标。这又是为什么呢？
答案也非常简单，乔木大叶种茶叶本身脂肪含量较低，再加上发酵过程中的分解与转化，使得空气中、地表层的大肠杆菌等失去了寄生的“营养源”。因此，对普洱茶发酵过程中采用的自然接种方法可能产生的二次污染的担心，也许是我们不必要的。
或许，正是因为这种自然接种方式，使普洱茶更能体现它原本的价值。只要这个加工场地及它的发酵车间是在云南特有的生态循环价值链上，即普洱茶产区，再加上遵循传统的工艺方法生产，其品质必然透出普洱茶的特质。反之，没有普洱茶地理价值的支撑，也只能做到“形似”，缺乏核心价值的“神似”。这或许也是普洱茶为什么不能在异地(指非云南普洱茶产区)生产与加工的主要原因。正如笔者所供职企业生产的普洱茶，虽然企业采用的医药企业的生产环境，即GMP条件下生产，但有两项工作必需在云南特定的茶区完成；一是云南大叶种茶叶的收购，无法用非云南茶区的原料代替，因内含物质差距太大，工艺无法调整，后续陈化存在质量问题较多；二是发酵必需在云南特定的区域进行，且仍然是自然接种。所不同的就是对半成品进行二次发酵而已。其发酵的菌群仍然来自云南普洱茶生产区域土壤中微生物的收集与培养。同样违背不了云南普洱茶地理价值的两大要件，即乔木大叶种与特有微生物。为什么这样呢？答案也依然简单，只有自然的，才是最纯正的，也是最科学的。
因此，当我们面对普洱茶，和普洱茶所依托的这样一个微生态系统，我们人类与之相比，仍然显得如此渺小，我们经常仰望星空，祈求风调雨顺，如果遭受一场雪灾、冻灾及其它大的灾害，我们都将面临一场巨大的损失。因为房屋可以重建，拽断的电线也可以重新连接，而微生物生态的多样性却很难重建。正如我们人类可以破坏它，如砍伐森林，开山造路。人类想模拟或再造一个这样的生态，比登天都难。因此，普洱茶发酵现阶段的自然接种，无论是无耐之举，还是所谓的落后也好，都是最明智的选择，也是最科学的选择，毕竟人类顺应自然、尊重自然，要比违背自然的主观臆断来的更加科学。更何况——让普洱茶的消费者享受最自然的产品又有什么错呢。

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